第Ⅱ類內含子,其5’剪接點和3’剪接點的序列多為…外顯子…↓GUGCG…內含子…嘧啶堿AU↓…外顯子…,除了剪接點序列特征之外,在離3’剪接點上游6-12bp有一段比較保守的序列,一致序列為CUCAC,在這一保守序列A的兩側各有一段3~5核苷酸的短序列能與上游方向的核苷酸互補,而A總是不包含在這些互補的序列之中,也就是說,在形成部分雙鏈結構中,A總是處于向外突出的“芽狀物”之中,而且該A啟動第一次轉酯反應。此外,內含子含有6個雙鏈結構區,內含子5’端形成的雙鏈結構區I含有兩個外顯子結合位點,可以與5’剪接點上游的外顯子3’末端區的序列配對而形成雙鏈結構。