Wegner肉芽腫應與能夠引起血管炎、呼吸道炎癥、腎小球腎炎的全身性疾病相鑒別，對出現葡萄膜炎和（或）鞏膜炎者則主要應與類肉瘤病性葡萄膜炎和復發性多發性軟骨炎及其伴發的葡萄膜炎相鑒別。
1.類肉瘤病可引起肺部病變、葡萄膜炎和鞏膜炎，但它所致的肺部病變主要表現為肺門淋巴結腫大，除引起多種類型的葡萄膜炎和鞏膜炎外，常引起結膜結節、淚腺腫大，易引起淋巴結病患者血管緊張素轉換酶水平通常升高。
2.復發性多發性軟骨炎也可引起鼻軟骨改變、馬鞍狀鼻畸形、葡萄膜炎和鞏膜炎，但此種疾病還易引起耳郭軟骨、喉、氣管軟骨的改變。