1、加帽
即在mRNA的5'-端加上m7GTP的結構。此過程發生在細胞核內，即對HnRNA進行加帽。加工過程首先是在磷酸酶的作用下，將5'-端的磷酸基水解，然后再加上鳥苷三磷酸，形成GpppN的結構，再對G進行甲基化。
2、加尾
這一過程也是細胞核內完成，首先由核酸外切酶切去3'-端一些過剩的核苷酸，然后再加入polyA。
3、剪接
真核生物中的結構基因基本上都是斷裂基因。結構基因中能夠指導多肽鏈合成的編碼順序被稱為外顯子，而不能指導多肽鏈合成的非編碼順序就被稱為內含子。真核生物HnRNA的剪接一般需snRNA參與構成的核蛋白體參加，通過形成套索狀結構而將內含子切除掉。
4、內部甲基化
由甲基化酶催化，對某些堿基進行甲基化處理。