這種蛋白的作用是什么呢？ω內含子的產物是一種核酸內切酶，它能識別ω-基因并將它作為靶切開其雙鏈。這種核酸內切酶識別18bp的靶序列，此含有內含子插入位點。靶序列的剪切是在每條鏈插入位點的3’端這一側2個堿基處交錯切，這樣剪切位點占4個bp，產生了凸出的單鏈末端。
這種類型的剪切是和轉座子移到新位點的機制有關。雙鏈的斷裂的起始了基因的轉變，在轉變中ω+基因序列產生了一個新拷貝取代ω-基因，這個過程涉及通過復制機制進行轉座，且僅在DNA水平上發生或以DNA取決代的方式，或以模板轉換的方式（與重組修復相類似）來完成。要注意內含子的插入中斷了內切酶對這個序列的識別，這樣使其穩定。
其它含有開放讀框的第I類內含子也可以移動。內含子永久存在的機制是相同的：內含子編碼的核酸內切酶剪切內含子將要插入的特殊靶位點。插入的細節是有不同的。例如T4噬菌體td內含子所編碼的核酸內切酶就是在靶位點上游24bp處剪切，然后內含子本身插入這個位點，而不是其新產生的拷貝。
雖然內含子移動的機制是共同的，但靶位點的序列和內含子編碼區域之間并無同源性。據推測內含子有一個共同的進化區域，但很明顯它們有很大的歧化。靶位點是在各種靶序列中最長的，對于核酸內切酶來說也是最特異的。結果內含子永久性地插入到單個的靶位點中，而且不插入基因組的任何其他地方，此就稱為內含子歸巢( intron homing)。
含有編碼核酸內切酶序列的內含子在不同細菌和低等真核生物中都有所發現。由此產生一種游離的因子，其編碼的功能涉及到RNA的剪接或者DNA分子之間的移動。與此相關的觀點認為內含子編碼區域中密碼子的用法與外顯子稍有不同。