根據剪接過程為自發還是要經過剪接體的加工,人們將內含子分為自剪接和剪接體內含子。
自剪接內含子:在1981年由湯瑪斯·切希發現的自剪接內含子中,又分為:Ⅰ型內含子與Ⅱ型內含子。
剪接體內含子:這類內含子的剪除要有剪接體的幫助。一段序列在剪接中是內含子還是外顯子,取決于其自身。
GT-AG-內含子:最常見的內含子是所謂的GT-AG-內含子。它以GT開頭并以AG結尾。
AT-AC-內含子:AT-AC-內含子則是以AU開頭,AC結尾。
生物體內的各種內含子:
GU-AG類(主要內含子):細胞核,pre-mRNA(真核)
AU-AG類(次要內含子):細胞核,pre-mRNA(真核)
1類內含子:細胞核,pre-mRNA(真核),細胞器RNA,少數細菌RNA
2類內含子:細胞器RNA,部分細菌RNA(主要存在于真核生物的線粒體和葉綠體rRNA基因中)
(以上第3,4種內含子不同于第1,2種內含子:因為其內含子本身具有催化活性,能進行內含子的自我剪接,而無需借助于形成剪接體。)
3類內含子:細胞器RNA
雙內含子:細胞器RNA
pre-tRNA中的內含子:細胞核,pre-tRNA(真核)
其中,1類內含子的剪接主要是轉酯反應,剪接反應實際上是發生了兩次磷酸二酯鍵的轉移。第一個轉酯反應由一個游離的鳥苷或鳥苷酸(GTP、GMP或GDP)介導,其3‘-OH作為親核基團攻擊內含子5’端的磷酸二酯鍵,從上游切開RNA鏈,在第二個轉酯反應中,上游外顯子的自由3‘-OH作為親核基團攻擊內含子3’位核苷酸上的磷酸二酯鍵,使內含子完全被切開,上下游兩個外顯子通過新的磷酸二酯鍵重新連接。
2類內含子剪接體系中,轉酯反應無需游離鳥苷酸或鳥苷,而是由內含子本身的靠近3‘端的腺苷酸2’-OH作為親核基團攻擊內含子的5‘端的磷酸二酯鍵,從上游切開RNA后形成套索裝結構。再由上游外顯子的自由3’-OH作為親核基團攻擊內含子3‘位核苷酸上的磷酸二酯鍵,使內含子被完全切開,上下游兩個外顯子通過新的磷酸二酯鍵重新連接。
3類內含子通過同樣的套索機制進行剪接,但不是自我剪接,需要通過特殊的剪接體(spliceosome)RNA-蛋白復合物的作用。