ITS被廣泛用于分類學和分子系統學 （molecular phylogeny），由于：
1）大量的拷貝，使得它容易擴增。
2）即使在相近的種群中也有著高度的變異。因為作為非功能片段，其有著很低的進化壓力。
例如：ITS被證明在辨明同屬的物種的關系中扮演重要的作用，在菊科植物的關系和臨床上重要的酵母類之間關系的闡明上有著重要作用。(Baldwin, 1992; Baldwin et al., 1995; Kim et al., 1996) as well as clinically important yeast species.）