過去由于內鏡不能接近并取出嵌頓在膽囊頸的結石，因而不適于解剖功能綜合征的治療。但隨著內鏡套管器械和技術的進步，內鏡治療解剖功能綜合征也取得了一些進展。England等應用內鏡治療了25例解剖功能綜合征，治療目的是取出結石、緩解黃疸。行內鏡下乳頭切開術后引流膽汁，利用網籃取石、球囊擴張、機械取石、體外碎石、溶石治療。對結石不能取盡者可采用支架管治療。一些不適應于外科手術的病人，支架管可成為長期治療手段。
對于嵌頓結石用一般機械碎石無效的病例，采用電子液壓碎石（electric hydraulic lithotrity，EHL）、激光介導震波碎石（laser-induced shock wave lithotripsy，LISL）等方法，可取得滿意的療效。Binmoeller等在ERCP指導下利用EHL治療14例解剖功能綜合征，將所有嵌頓結石（1.0～3.0cm）全部取出，除1例直徑3.5cm的結石因局部壞死術后出現膽瘺外，余無并發癥。但EHL可引起膽管損傷，應在膽道鏡監視下由有經驗的醫師操作。