2物理化學鑒定
通 過物理化學方法是通過種子在某些特殊的化學藥劑中產生特定的反應，測定種子的生理生化指標以鑒定品種純度。如熒光掃描分析法、苯酚染色法、愈創木酚法等。物理鑒定法，可根據不同品種種子和幼苗含有熒光物質的差異進行鑒定。如利用紫外光處理燕麥種子可產生熒光，根據熒光的有無或強弱可區分不同品種。化學鑒定 法可根據不同品種皮殼的成分和化學物質的差異，以及對不同化學試劑反應顯色的差異來鑒定品種。該方法快速、簡便，但因要求被鑒定的種子必須具有物理化學的 特異反應，其應用范圍也受到很大的限制，目前應用較少。
3蛋白質電泳鑒定技術
不 同作物品種基因型不同，基因的直接表達產物——蛋白質在種類、數量、結構等方面亦不同。電泳法是根據蛋白質數量、大小和結構的差異來揭示基因的差異，即由生化表現型反映基因型的生化標記方法，具有快速、準確性高、重復性好的優點。利用電泳技術對備檢品種的種子或幼苗的蛋白質進行分離、染色，根據蛋白質電泳 譜帶的差異，并與品種的標準譜帶相比較，從而鑒定品種的真實性和種子純度。電泳鑒定方法中以同工酶電泳法和種子蛋白電泳法在品種鑒定和種子純度分析研究方面己得到廣泛應用。
3．1 同工酶電泳法
同工酶是指來源相同，催化相同反應而結構不同的酶分子類型。同工酶譜差異主要是由決定酶蛋白本身的等位基因和非等位基因的差異造成的，同工酶譜是基因表達后 的分子水平的表型，通過其譜帶的分析能快速簡便地識別出編碼這些譜帶的基因位點和等位基因。同工酶電泳法是從植物組織的蛋白粗提物中通過電泳技術和組織化學染色法來分離各種酶的同工酶，將酶的多種形式轉變成肉眼可辨的酶譜帶型。通過比較同工酶譜，來確定作物種子的純度。目前，同工酶電泳法已被廣泛用于建立遺傳圖譜、種群分析等相關研究中。與形態鑒定法相比，同工酶電泳法具備兩個方面的優點：一是表現中性，對植物經濟性狀一般沒有大的不良影響；二是直接反映 了基因產物差異，受環境影響較小。目前，在作物種子純度鑒定中，最常用的、多態性較強的是酯酶同工酶、過氧化物同工酶、磷酸酶同工酶等，所用電泳方法多為 聚丙烯酰胺凝膠電泳法。
3．2種子蛋白電泳法
不同品種由于其遺傳組成不同，其種子的蛋白質種類、數量、大小及結構等也不相同，通過電泳形成不同的蛋白質譜帶，從而鑒別品種的真偽和純度。種子中所含的 蛋白質可分為清蛋白、球蛋白、醇溶蛋白、谷蛋白等，在品種鑒定上多是根據醇溶蛋白(禾谷類)和球蛋白(豆類)的多樣性，所用電泳技術包括聚丙烯酰胺凝膠電 泳、淀粉膠電泳及等電聚焦電泳等。但種子蛋白電泳對于某些遺傳組成非常接近的品種不易找到特異蛋白，采用蛋白質電泳也難以發現用于區分的特征帶。另外，蛋 白質電泳圖譜易受種子(或幼苗)發育階段及表達器官的影響，有時不夠穩定，影響了圖譜分析，從而影響了鑒定結果的準確性。