農藥廢水的處理方法有活性炭吸附法、濕式氧化法、溶劑萃取法、蒸餾法和活性污泥法等。
但是，研制高效、低毒、低殘留的新農藥，這是農藥發展方向。
一些國家已禁止生產六六六等有機氯、有機汞農藥，積極研究和使用微生物農藥，這是一條從根本上防止農藥廢水污染環境的新途徑。
