有機磷農藥逐漸邁向超高效低殘留的高效環保型的發展趨勢，在環境和農產品的殘留也很低，和多種農藥殘留共同存在，特別是在發達國家，所建立的農藥殘留量限量標準往往過于苛刻。這就要求在檢測時，試圖消除被測樣品中其他物質的干擾，這就需要運用高靈敏度的檢測器來實現。隨著檢測技術的發展，使當前對有機磷農藥殘留檢測方法日益多樣化。根據檢測原理的不同，可大致分為兩類：一是傳統的儀器檢測，即色譜技法：氣相色譜（GC）、高效液相色譜（HPLC）和在此基礎上發展的色譜一質譜聯用技術等；二是基于生物檢測技術的原理：生物傳感器、酶抑制檢測、免疫分析法等。
1、氣相色譜
氣相色譜具有分析效率高、準確度高、靈敏度高等優點，因而廣泛應用于農藥殘留分析方法。氣相色譜分析針對易于氣化，熱穩定的固態或液態物質，并且在有機磷農藥多殘留檢測方面有一定的優越性。
2、高效液相色譜
氣相色譜不適合難于氣化、熱穩定性差、極性強的農藥殘留的分析，高效液相色譜就成為農藥殘留不可或缺的分析手段。
3、氣相色譜—質譜聯用
氣相色譜—質譜聯用技術（GC-MS），抗干擾能力強，可以一次性完成待測物的定性、定量工作，已成為有機磷農藥殘留分析的最佳手段之一，已是國內外研究者最為常用的手段。
4、液相色譜—質譜聯用
液相色譜與質譜儀的在線聯用，抗干擾能力強，可以消除基質中未知成分的干擾，給出分析物的結構信息，不僅提高了分析的靈敏度和準確度，而且擴展了液相色譜的應用范圍。
5、生物傳感器
生物傳感器由于具有簡單、快速、成本低、靈敏度高以及選擇性好等特點，因而許多研究者基于生物傳感器來檢測有機磷農藥殘留。在有機磷農藥殘留的實際檢測中，國內外研究者對酶生物傳感器的關注度較高。其中以膽堿酯酶、有機磷水解酶作為生物活性識別元件的傳感器已發展成為酶生物傳感器的兩種主導類型。
6、免疫分析技術
1971年，Ercegovich等第一次嘗試將免疫分析用于農藥殘留檢測，展望了免疫分析在農藥常規檢測中的潛在優勢。之后，Hammock和Mumma提出利用免疫分析檢測農藥的可能性并得到環境學家的認可。Grennan利用重組的抗體碎片來檢測農藥莠去津，該傳感器將到電聚合物固定在碳糊電極表面，促進了HRP標記的抗原與電極表面的電子轉移，該傳感器檢出限為0.1ng/mL。
7、金納米粒子
作為納米材料，具有表面效應、量子尺寸效應、宏觀量子隧道效應等特性，因此在檢洲中表現出些特有的優勢。Lin實驗組通過水熱法制得ZrO2-SiO2納米復合物，然后再在其表面引入金納米粒子，制備了Au-ZrO2-SiO2修飾電極，并將其用于乙基-對氧磷的檢測，金納米粒子的引入不僅提高了傳感器的電子轉移速率而且較大的比表面積進一步增加了農藥吸附量，該方法線性范圍為1.0~500ng/mL，最低檢測限0.5ng/mL。
8、分子印跡技術
分子印跡技術（Molecularly imprinting technology, MIT）是一種新型高效分離及分子識別技術，具有優越的識別性和選擇性。近年來該技術被應用到農藥殘留檢測上，取得了不錯的效果。