（1）在手術進行中，突然發現病人的病變與原診斷，原定手術方案不相符合，或者懷疑時，需要病理確定。
（2）了解淋巴結內是否有轉移的腫瘤細胞，或者轉移的程度，以利于確定是否需要徹底掃除淋巴結或者其它的治療措施。
（3）對于已確定為惡性腫瘤的患者，則需要了解其手術范圍是否足夠，上下切緣是否有殘存的腫瘤組織。
（4）在做剖腹探查時所發現的腫塊或者異樣的組織。
（5）顯示組織中的脂肪和脂類物質，這常見于某些病例如脂肪瘤及肉瘤，某些科研組織等。
（6）某些酶的顯示如ATP酶，琥珀酸脫氫酶等。
（7）神經病理學技術中的某些染色法如：Eager氏法，Marchi氏法，Cajal氏法，Hortega氏法和Holzer氏法等。
（8）對某些物質所進行的免疫熒光的研究。