1.X軸選擇FSC-A，Y軸選擇SSC-A。分析凋亡的細胞選擇上圖所示的細胞群體進行分析。細胞碎片不予分析。
2.在SSC/FSC圖中雙擊“分析的細胞群體”，X軸選擇FITC,用來表示AnnexinV-FITC。Y軸選擇PE-Texas,用來表示PI。用四分門設門工具界定活細胞和凋亡細胞。
Q1(UL)：(AnnexinV-FITC)-/PI+，此區域的細胞為壞死細胞。也可能有少數的晚期凋亡細胞在其中，甚至機械損傷的細胞也包含其中。
Q2(UR): (AnnexinV+FITC)+/PI+，此區域的細胞為晚期凋亡細胞。
Q3(LR)：(AnnexinV-FITC)+/PI-，此區域的細胞為早期凋亡細胞。
Q4(LL)：(AnnexinV-FITC)-/PI-，此區域的細胞為活細胞。
通常統計細胞凋亡率時采用Q2+Q3，晚期凋亡＋早期凋亡群(即所有AnnexinV陽性群)。
細胞周期由G1期、S期、G2期和M期組成。細胞在G1期完成必要的生長和物質準備，在S期完成染色體DNA的復制，在G2期進行必要的檢查和修復，以保證DNA復制的準確性。在M期完成遺傳到子細胞中的均等分配，使細胞進行分裂。
細胞周期檢測中PI最為常用。PI為插入性核酸熒光染料，能選擇性的嵌入核酸DNA和RNA雙鏈螺旋的堿基之間與之結合，其結合的量與DNA的含量成正比例關系，用流式細胞儀進行分析，就可以得到細胞周期各個階段的DNA分布狀態，從而計算出各個期的百分含量。