動物源凝乳酶：凝乳酶最早來源于小牛的第四胃黏膜，隨后在其他動物的胃中提取了凝乳酶。但是由于動物來源的凝乳酶來源不穩定，同時出于對種族、信仰等方面的考慮，研究者已將研究方向轉為微生物和植物來源的凝乳酶。
植物源凝乳酶：許多植物中含有能使乳凝固的蛋白酶來源非常廣泛。目前研究較多的有如下幾種，包括木瓜蛋白酶、無花果蛋白酶、菠蘿蛋白酶、生姜蛋白酶、合歡蛋白酶、朝鮮薊蛋白酶等。
微生物源凝乳酶：微生物因其具有生長周期短，產量高，受時間、空間限制小，生產成本低，提取方便，經濟效益高等優點，是目前凝乳酶來源最有前途的發展方向。目前已發現有40余種微生物可生產一定活力的凝乳酶，主要是真菌、放線菌、細菌等 。