凝膠凈化系統是較常用的分離純化儀器，能有效去除樣品中的大分子基質，及小分子干擾物質，提高后續分析的靈敏度與準確性。分離的結果也受實驗人員的操作影響，因此需要了解使用過程中的注意事項，避免操作失誤。
1.含水量大的樣品在進樣前須脫水
2.樣品在進樣前必須經0.45u的微孔膜過濾。
3.GPC柱要求流動相與柱子規格一致，不要隨意變更流動相的比例及組成。
4.系統主要采用PEEK接頭，在連接時適當擰緊即可，過度用力會造成螺紋損壞。
5.嚴禁使用酸、堿性流動相， 嚴禁使用水作為流動相 ，嚴禁使用緩沖鹽。
6.嚴禁使用酸、堿性流動相， 嚴禁使用水作為流動相 ，嚴禁使用緩沖鹽。
8.流動相每次配制要適量，如果放置時間過長，需重新配制。對于乙酸乙酯來說長時間放置會吸收水分，環己烷容易揮發，這些都非常不利于凝膠凈化系統的分析。