優點
（1）全部組分均在溶劑分子洗脫之前洗脫下來，分離時間短。
（2）可以預測洗脫時間，可以連續進樣。
（3）凝膠色譜的分離過程不依靠分子間作用力，一般情況下，沒有強保留的分子累積在色譜柱，所以分離時試樣組分不會丟失，柱的使用壽命也會延長。
（4）保留時間短，色譜峰窄，容易檢測。 [1]
應用
凝膠色譜不但可以用于分離測定高聚物的相對分子質量和相對分子質量分布，同時根據所用凝膠填料不同，可分離脂溶性和水溶性物質，分離相對分子質量的范圍從幾百萬到100以下。近年來，凝膠色譜也廣泛用于小分子化合物。相對分子質量相近而化學結構不同的物質，不可能通過凝膠滲透色譜法達到完全分離純化的目的。凝膠色譜不能分辨分子大小相近的化合物，相對分子質量相差需在10%以上才能得到分離。