凝膠色譜儀的固定相是凝膠，凝膠是一種經過交聯而具有立體網狀結構的多聚體，含有大量液體（一般為水），柔軟而富于彈性，有軟性凝膠、半剛性凝膠和剛性凝膠等。
一、軟性凝膠：
有葡聚糖凝膠和瓊脂凝膠等。
具有較小的交聯結構，其微孔能吸入大量溶劑，并能溶脹到其干體的許多倍。
適用于水溶液作流動相。
一般用于小分子質量物質的分析，只用于常壓排阻色譜。
二、半剛性凝膠：
是苯乙烯-二乙烯基苯的高交聯度共聚物。
比軟性凝膠稍耐壓，溶脹性不如軟性凝膠。
非極性有機溶劑為流動相，不能用丙酮和乙醇等極性溶劑。
用于液相色譜時，流速不宜大。
三、剛性凝膠：
有多孔硅膠和多孔玻璃微球等。可控孔徑多孔玻璃微球具有恒定孔徑和窄粒度分布。
化學穩定性好，熱穩定性好，機械強度大，流動相性質影響小。
既可用水溶性溶劑，又可用有機溶劑作流動相。
可在較高壓強和較高流速下操作。一般控制壓強小于7MPa，流速小于1cm3/s，否則將影響凝膠孔徑，造成不良分離。