凝膠色譜儀流動相的作用原則上不象在其它液相色譜儀中那樣重要，這是由于它的分離并不依賴于樣品組分與填料和流動相之間的相互作用，因此對于流動相的選擇考慮較為簡單，主要要求粘度低、沸點高、能溶解多種大分子樣品和能潤濕填料等。
為了減小溶劑粘度（以降低柱壓）和增加樣品的溶解度，色譜柱溫度通常高于室溫。
流動相必須與所選用的檢測器相匹配。在用示差折光檢測器時，要求流動相的折光指數與樣品的折光指數有盡可能大的差別，以得到較高的靈敏度。在用紫外檢測器時，要求流動相本身應有較低的紫外截止波長（所謂溶劑的紫外截止波長指當小于截止波長的輻射通過溶劑時，溶劑對此輻射產生強烈吸收，此時溶劑被看作是光學不透明的，嚴重干擾組分的吸收檢測。）或者至少在所選檢測樣品的波長處，對于流動相來說應是“透明"的。
凝膠色譜儀較為常用的溶劑有甲苯、四氫呋喃和鹵代芳烴等，其中四氫呋喃最理想，最常用。