1.探針的標記：
（1） 如下設置探針標記的反應體系：
待標記探針 （1.75pmol/微升） 2微升
T4 Polynucleotide Kinase Buffer （10X） 1微升
Nuclease-Free Water 5微升
[γ-32P]ATP（3,000Ci/mmol at 10mCi/ml） 1微升
T4 Polynucleotide Kinase （5-10U/微升） 1微升
總體積 10微升
按照上述反應體系依次加入各種試劑，加入同位素后，Vortex混勻，再加入T4 Polynucleotide Kinase，混勻。
（2） 使用水浴或PCR儀，37℃反應10分鐘。
（3） 加入1微升探針標記終止液，混勻，終止探針標記反應。
（4） 再加入89微升TE,混勻。此時可以取少量探針用于檢測標記的效率。通常標記的效率在30%以上，即總放射性的30%以上標 記到了探針上。為實驗簡便起見，通常不必測定探針的標記效率。
（5） 標記好的探針最好立即使用，最長使用時間一般不宜超過3天。標記好的探針可以保存在-20℃。
2.探針的純化：
通常為實驗簡便起見，可以不必純化標記好的探針。在有些時候，純化后的探針會改善EMSA的電泳結果。如需純化，可以按照如 下步驟操作：
（1） 對于100微升標記好的探針，加入1/4體積即25微升的5M醋酸銨，再加入2體積即200微升的無水乙醇，混勻。
（2） 在-70℃至-80℃沉淀1小時，或在-20℃沉淀過夜。
（3） 在4℃，12000g-16000g離心30分鐘。小心去除上清，切不可觸及沉。
（4） 在4℃，12000g-16000g離心1分鐘。小心吸去殘余液體。微晾干沉淀，但不宜過分干燥。
（5） 加入100微升TE，完全溶解沉淀。標記好的探針最好立即使用，最長使用時間一般不宜超過3天。標記好的探針可以保存于-20℃。
3.EMSA膠的配制：
（1） 準備好倒膠的模具。可以使用常規的灌制蛋白電泳膠的模具，或其它適當的模具。最好選擇可以灌制較薄膠的模具，以便于干膠等后續操作。為得到更好的結果，可以選擇可灌制較大 EMSA 膠的模具。
（2） 按照如下配方配制20毫升4%的聚丙烯酰胺凝膠（注意：使用29:1等不同比例的Acr/Bis對結果影響不大）。
TBE buffer （10X） 1毫升
重蒸水 16.2毫升
39:1 acrylamide/bisacrylamide （40%,w/v） 2毫升
80% 甘油 625微升
10% 過硫酸銨 （ammonium persulfate） 150微升
TEMED 10微升
（3） 按照上述次序加入各個溶液，加入TEMED前先混勻，加入TEMED后立即混勻，并馬上加入到制膠的模具中。避免產生氣泡， 并加上梳齒。如果發現非常容易形成氣泡，可以把一塊制膠的玻璃板進行硅烷化處理。
4.EMSA結合反應：
（1） 如下設置EMSA結合反應：
陰性對照反應：
Nuclease-Free Water 7微升
EMSA/Gel-Shift結合緩沖液（5X） 2微升
細胞核蛋白或純化的轉錄因子 0微升
標記好的探針 1微升
總體積 10微升
樣品反應：
Nuclease-Free Water 5微升
EMSA/Gel-Shift結合緩沖液（5X） 2微升
細胞核蛋白或純化的轉錄因子 2微升
標記好的探針 1微升
總體積 10微升