凝膠過濾層析的原理是利用具有多孔網狀結構的顆粒的分子篩作用,根據被分離樣品中各組分相對分子質量大小的差異進行洗脫分離,主要是根據蛋白質的大小和形狀,即蛋白質的質量進行分離和純化。凝膠過濾層析也稱分子篩層析、排阻層析,小分子物質能進入其內部,流下時路程較長,而大分子物質卻被排除在外部,下來的路程短,當一混合溶液通過凝膠過濾層析柱時,溶液中的物質就按不同分子量篩分開了。