出色靈敏度提升復雜基質中目標肽段定量能力（一）

前言

生物標志物的研究包括發現（Discovery），驗證（Verification），確認（Validation） 階段， 最后進入臨床檢驗（Clinical Utilization）等更深入的階段。在研究生物標志物的過程中，主要的挑戰在于如何在成分復雜的生物樣品中發現中等豐度或低豐度的蛋白質，這就對儀器性能提出了很高的要求，即儀器必須具備高靈敏度，以保證低豐度蛋白質的檢出。

TSQ Quantiva 是賽默飛世爾科技在2013 年ASMS 上推出的全新一代三重四極桿質譜儀。TSQ Quantiva 采用主動離子管控技術(Active Ion Management，AIM)（圖1）技術優化離子生成及從離子源至檢測器的傳輸，使這款儀器能夠以最優異的靈敏度定量分析最復雜和最具挑戰性的樣品。本實驗旨在考查TSQ Quantiva 在復雜基質中針對目標肽段定量的靈敏度。

圖1. 主動離子管控技術（AIM）示意圖

實驗條件

材料與方法

PIERCE Peptide Retention Time Calibration Mixture（貨號: 88320），內含15 條不同疏水系數（Hydrophobicity Factor, HF）的重標肽段。采用5ng/μL E.coli 酶解產物進行逐級稀釋，獲得濃度為0.0005 fmol/ μL, 0.0025 fmol/ μL, 0.005 fmol/ μL, 0.05 fmol/μL, 0.5 fmol/ μL, 5 fmol/ μL, 50 fmol/ μL 的樣品。實驗中通過Pinpoint 1.3 軟件進行離子對的選擇（圖2），每個母離子選擇4 個子離子，其中1 個子離子作為定量離子，3 個子離子作為定性離子。最終建立了15 條目標肽段，共計60個離子對的SRM 方法，其中加粗部分為定量離子（表1）。

圖2. Pinpoint 1.3 軟件進行離子對的選擇

表1. 15 條肽段信息