分子印跡分離技術是指獲得在空間結構和結合位點上與某一分子（印跡分子）完全匹配的聚合物的過程。
1、分子印跡分離技術的原理：
當印跡分子與聚合物單體接觸時會形成多重結合位點，通過聚合過程這種作用被記憶下來，當除去印跡分子后，聚合物中形成了與印跡分子空間結構完全匹配的具有多重結合位點的空穴，這樣的空穴將對印跡分子及其類似物具有選擇識別特性。分子印跡分離技術常與離心機分離技術結合使用。
2、分子印跡分離技術的方法：
共價法和非共價法。
3、分子印跡分離技術的特點：
（1）分子印跡聚合物具有很好的物理和化學穩定性。
1）對各種不同的目標化合物都顯示良好的專一性。
2）能夠抵抗很強的機械作用力，高溫、高壓下不會改變分子印跡聚合物的性質。
3）能抵抗酸、堿、高離子強度以及各種有機溶劑的作用，即使在復雜的化學環境中也能保持穩定。
（2）分子印跡聚合物可以保存較長的時間并維持其專一的親和能力。
（3）分子印跡聚合物的選擇性很強，制備成本低，容易實現大規模生產。
4、分子印跡分離技術的應用：
（1）樣品前處理：分離、提純和濃縮。
（2）手性物質的分離。
（3）固相萃取。
（4）色譜分離。
（5）用于化學仿生傳感器。
（6）天然抗體模擬。
（7）酶催化模擬。
5、分子印跡分離技術的未來發展方向：
蛋白質、多肽和酶等生物大分子甚至整個細胞的印跡研究。