6、 提交計算任務
Dock6方案為我們提供了多種對接計算模式，這里稍微解釋一下。
在各種模式中，蛋白受體都是剛性不動的。因為Dock6的Grid算法實際上并非直接采用蛋白結構進行對接，而是采用其模型（正是前面生成的格點）。根據配體運動的方式，分為下面幾種情況：
1） 柔性配體對接，即配體在對接過程中是柔性可變的，可旋轉單雙鍵產生不同構象。這是最常用的默認的模式；
2） 固定錨點對接，即在口袋中對配體進行小范圍構象搜索，配體有一塊結構（通常為最大的剛性結構）看似被固定住，而其他部分則可變動。該模式的用處是，在保持配體整體結合位置不變的情況下，尋找更好的結合模式；
3） 剛性配體對接，即配體是剛性的，不能旋轉化學鍵，僅可整體平移和翻轉。可能的使用場景是，配體的構象具有某種特殊意義，希望對接后保持不變，或者評估蛋白是否能夠容納這種構象；
4） 原位優化（in-situ minimization），即在口袋中對配體分子進行能量優化，不進行構象搜索。可用于優化配體的結合模式；
5） 打分評價，即對口袋中的配體分子進行打分評價，不進行構象搜索。可采用不同打分函數對配體某一結合模式進行重打分。
我們采用柔性配體對接模式，其他參數采用默認值，然后提交任務。
7、 對接結果分析
1） 查看對接打分
Dock6方案的對接總打分是Grid Score，負值表示有結合，正值表示不結合，因此，打分值越小（負值的絕對值越大）表示結合力越強。它與另外兩項能量項——范德華力和靜電力——的關系是：Grid Score = Grid_vdw + Grid_es。Internal Energy是分子內能，表示對接構象（pose）的張力大小，正值，越小越好，通常20 kcal/mol以下比較合理。Pose列是對接構象編號，按照Grid Score從小到大排列。因此，第一個pose即為對接軟件根據打分判斷為最好的對接構象。
根據經驗，Grid Score>-40 kcal/mol屬于結合力較差，-40~-50kcal/mol屬于中等，<-50kcal/mol屬于較好。由于D715-2441分子較小，所以疏水作用面積小，范德華力貢獻自然較小，靜電力貢獻通常也不會很大，導致整體打分較差。這是可以理解的，也應理解為該對接構象還算合理。
從打分分布看，各個pose的打分相差不大，范德華力貢獻為主，第一個pose的靜電力貢獻相對其他pose出奇地大，意味著它具有較多較強的靜電作用力（比如氫鍵和鹽橋）。
2） 分析相互作用
仔細觀察各個pose，結合上面的對接打分。我們認為第一個pose 的作用力最多，結合力最好，結合方式符合預期，是最好的構象。對比文獻，這個pose與之幾乎完全一致（下面會解釋差異之處）。因此，我們選擇它來做結合模式分析。
為清晰起見，點擊視圖右側Protein下的cartoon按鈕，去掉cartoon樣式。點擊Ligand下的center按鈕，居中顯示配體。我們清晰地看到，化合物D715-2441的芳環結構夾在H357的咪唑環和F404的苯環之間形成三明治結構，并與之分別形成π-π堆積作用（黃線），還有與F404的疏水作用（灰線），這些作用力一起構成了范德華力，提供了約-35.48kcal/mol的結合力貢獻。另一方面，E361的羧基和K376的質子化N原子同時與苯環上的羥基形成氫鍵，氫鍵距離、角度可從下方表格查到。F404骨架上的氧原子也與D715-2441另一個羥基形成氫鍵作用。與文獻不同的是，K339的N+原子和H357的咪唑基都跟環酯基形成鹽橋作用。這種作用通常認為是非典型的，所以文獻未提及，但在我們的檢測分析工具里，它被呈現出來。這些極性作用為化合物的結合提供了較強的靜電力貢獻（約-7.69kal/mol），這也是該pose相對其他pose而言靜電力非常顯著的原因。
跟文獻存在差異的另一個地方是，文獻顯示Phe323與化合物存在π-π堆積作用，Phe325存在疏水作用。但在我們的分析結果中，并沒有出現這兩個作用力。實際上，這兩個氨基酸殘基距離底物稍遠，剛好超過該分析工具的相互作用力幾何判斷標準。但若將其原子結構顯示出來，即發現也在附近（下圖）。在柔性配體對接模式下，蛋白是剛性的，蛋白口袋的形狀、殘基位置未必是與配體最契合的。普遍認為，蛋白-配體之間存在“誘導契合”效應。在真實情況下，由于分子熱運動，蛋白、配體間距離不可能一成不變。對接計算只是展示了其靜態的一面，在真實世界里，幾何距離在臨界點附近的作用力可能“若隱若現”。
