遺傳標記是指在遺傳分析上用作標記的基因，也稱為標記基因。在重組實驗中多用于測定重組型和雙親型。
作為標記基因，其功能不一定研究得很清楚但因突變性狀是明確的，所以容易測定。對于微生物雖多用與生化性狀有關的基因，但對高等生物則多用與形態性狀有關的基因。也有用著絲粒作為遺傳標記的。
在微生物遺傳學中遺傳標記還區分為選擇性標記（或稱選擇性基因）和非選擇性標記（或稱非選擇性基因）二類。
