當找到可能的重組質粒且條帶清晰時可直接切下含DNA 的凝膠條帶，用膠回收DNA 的方法回收質粒并進行酶切鑒定，如果DNA 量太少則需重提質粒。 用QIAprep Miniprep Spin 小量提質粒注意以下事項可提高得率
A．用含抗生素的培養基培養細菌會有較高的得率。
B．收菌時用tips吸干凈殘余的培養基上清。
C．加入Ｐ１后應充分振蕩以完全打散懸浮細胞，特別是多次離心收菌的情況下較難打散細菌，可用tips 反復吸打因為殘留的小塊菌團會嚴重影響得率和DNA 的質量。
D．加入Ｐ２后立即輕輕搖勻，可反復倒轉epperdorf 管4-6 次充分混勻菌數較多時可靜置不超過5 分鐘，以便充分裂解提高得率，超過5 分鐘的會降低質粒質量。甚至可能出現部分質粒不可逆的變性的情況，可能在電泳時得到一條酶切不動的質粒條帶。
E．加入Ｎ３后立即輕輕混勻，可反復倒轉epperdorf 管5-7 次以充分混勻。菌數較多時可靜置幾分鐘以便質粒充分復性。
F．離心后上清液上柱，注意不要將懸浮的細胞碎片（如果有的話）加入柱中，如已在柱中請吸出。我們建議一定用PB洗柱，特別是菌數較多，或菌株糖蛋白較多的情況，以保證DNA 的質量。
G．對于較大的質粒，（<10Kb ），請70攝氏度預熱、洗脫buffer或ddH2O 以提高得率，對于拷貝數不高的情況可以用50ml洗脫buffer或ddH2O 分別洗2 次，如果拷貝數高的可用100ml.靜置1 分鐘后再離心，有助提高得率，buffer或H2O 應加在膜中央而非管壁上。