凝膠是一種多孔性的不帶表面電荷的物質,當帶有多種成分的樣品溶液在凝膠內運動時,由于它們的分子量不同而表現出速度的快慢,在緩沖液洗脫時,分子量大的物質不能進入凝膠孔內,而在凝膠間幾乎是垂直的向下運動,而分子量小的物質則進入凝膠孔內進行“繞道”運行,這樣就可以按分子量的大小,先后流出凝膠柱,達到分離的目的。