分子熒光光譜儀優勢
制樣簡單，試樣多數不需經過化學處理就可分析，且固體、液體試樣均可直接分析。
分析速度快。雖然測定用時與測定精密度有關，但一般都很短，2～5分鐘就可以測完樣品中的全部待測元素。
多元素同時檢出能力。可同時檢測一個樣品中的多種元素。一個樣品一經激發，樣品中各元素都各自發射出其特征譜線，可以進行分別檢測而同時測定多種元素。
敏感度高，選擇性好。熒光分析的靈敏度要比吸收光譜測量高2-3個數量級。分光光度法通常在 10-7 級 ，而熒光的靈敏度達10-9。
非破壞分析。在測定中不會引起化學狀態的改變，也不會出現試樣飛散現象。同一試樣可反復多次測量，結果重現性好。
分子熒光光譜儀劣勢
在經典分析中，影響譜線強度的因素較多，尤其是試樣組份帶來的光譜重疊等，所以對標準參比的組份要求較高。
難于作絕對定量分析,需要精確的標樣做比較。含量（濃度）較大時，準確度較差。
對樣品化合物有共軛性要求,應用不廣泛.