分析型菌體色譜儀分類有多種。
1、按分離目的可分：實驗室分析型菌體色譜儀和工業分析型菌體色譜儀。
2、按分離原理可分：分析型菌體分配色譜儀、分析型菌體吸附色譜儀和分析型菌體凝膠色譜儀。
3、按色譜柱形狀可分：填充柱分析型菌體色譜儀和毛細管柱分析型菌體色譜儀。
4、按靈敏性可分：微量分析型菌體色譜儀和痕量分析型菌體色譜儀。
5、按產地可分：國產分析型菌體色譜儀和進口分析型菌體色譜儀。
6、按固定相性質可分：鍵合固定相分析型菌體色譜儀和硅膠固定相分析型菌體色譜儀等。
7、按分離特點可分：分析型菌體色譜儀、高壓分析型菌體色譜儀和高速分析型菌體色譜儀。