小腦膿腫的基本病因有：
（1）耳源性：在耳源性小腦膿腫中，95%為中耳炎、乳突炎所致的鼓室后壁炎癥向后發展或原發感染灶通過化膿性迷路炎、血栓性靜脈竇炎、尤其是乙狀竇炎借靜脈逆行進入小腦所致。少數是通過壞死的硬腦膜或血管周圍間隙進入小腦所致。小兒患者因乳突骨質較薄，中耳感染更易通過乳突氣房，特別是通過迷路三角蔓延到小腦而形成膿腫。
（2）血源性：血源性小腦膿腫很少見。外傷性小腦膿腫是通過顱底骨折，細菌經由傷口或乳突氣房直接侵入腦內而發生。
（3）隱源性：隱源性小腦膿腫是由于原發感染灶隱匿未被注意，或炎癥已近消失.感染來源未能判明。此類膿腫臨床上常誤診為小腦腫瘤。
小腦膿腫的致病菌最常見的是各種化膿性細菌。近年來國內外文獻報道以變形桿菌最為常見，此外，金黃色葡萄球菌、鏈球菌、大腸桿菌等感染也不少見。且常與耳部原發性的細菌種類一致。