慢性反流性腎病的病因是膀胱輸尿管反流。膀胱輸尿管反流是尿液通過不健全的膀胱輸尿管連接處的反流生理情況下，輸尿管最后一段的活瓣機制的解剖功能完整性能防止這種反流。這一活瓣機制包括：輸尿管斜行穿過膀胱壁；輸尿管壁特殊的肌組織；輸尿管口黏膜瓣前述活瓣機制解剖功能完整性的改變，將導致原發或繼發性VUR。1.原發性膀胱輸尿管反流原發性VUR臨床最常見多見于小兒為膀胱黏膜下輸尿管段的先天性異常.，如先天性膀胱黏膜下輸尿管過短，膀胱三角肌組織發育不良等隨著小兒成長，膀胱基部發育完善反流多數會消失。
目前普遍認為原發反流大多是由于膀胱黏膜下部分輸尿管長度、直徑肌組織或神經支配的先天性缺陷，由于輸尿管口異位造成黏膜下部分輸尿管過短可能是非常重要的。當膀胱充盈時黏膜下部分輸尿管可能進一步縮短而出現反流這與反流只發生在膀胱充盈時或排尿過程中的觀察結果是一致的。
原發性VUR明顯地具有在青春發育期前自愈的傾向，不伴輸尿管擴張的輕度反流(Ⅰ～Ⅱ級)患者有近75%～85%反流停止，中度反流的患者有66%反流消失，伴有輸尿管擴張的較嚴重反流(Ⅲ～Ⅴ級)患者有近25%～30%反流停止Woodard認為其機制是壁內段輸尿管隨年齡增長而延長的研究表明98%的輕度和中度反流的嬰兒三年內正常，25%的大量反流嬰兒在較長時期內保持正常Robert的報道證實原發高度反流的持續時間比中度反流長。
家庭集中傾向為8%～32%與散發病例比較家族性病例反流更嚴重且更多為雙側性。對43例希臘VUR患兒進行人類白細胞抗原(HLA)檢查的結果是，攜帶HLAAw19+29的兒童本病發病率較高。
研究表明在1/20的反流患者，反流與尿路梗阻有關。在輕微反流病例同時存在的梗阻容易被診斷出；在有輸尿管擴張和(或)扭曲的病例與輸尿管擴張不成比例的腎盂擴張提示可能有梗阻。有報道147例VUR患者中17例(14%)同時存在輸尿管腎盂連接處梗阻，有學者建議對考慮有輸尿管腎盂連接處梗的患兒常規行排泄性膀胱尿路造影檢查。
Bisset研究了尿路重復畸形患者的VUR發病率結果69%的完全尿路重復畸形患者和22%的部分尿路重復畸形患者可見VUR。