多數情況下曲菌是一種條件致病菌，只在機體抵抗力降低的基礎上致病。曲菌可在身體許多部位引起病變，如皮膚、耳、鼻腔、眼眶、心、腦、腎、呼吸道、消化道等，而以肺部病變為最常見。曲菌在組織內可引起化膿，形成小膿腫。有時不化膿而發生組織壞死及出血，周圍有多數中性粒細胞和單核細胞浸潤。在小膿腫和壞死灶內有大量菌絲。曲菌并常侵入血管引起血栓形成，造成血管阻塞，可使組織缺血、壞死。慢性病灶有纖維組織增生，其中有大量淋巴細胞和單核細胞浸潤，并雜有多數巨噬細胞和異物巨細胞。病灶內有大量菌絲。曲菌菌絲粗細均勻，直徑約2～7μm，有隔，分支狀，常成約45°的銳角分支，HE染色呈藍紫色，PAS染色更為清晰，也可用鍍銀法顯示。在陳舊的纖維肉芽腫性病灶內，曲菌菌絲可變形，粗細不勻，部分可膨大呈球狀或小囊狀。