主要的病原體是病毒。呼吸道合胞病毒(RSV)是引起毛細支氣管性肺炎最常見的病毒,其他尚有副流感病毒、腺病毒、流感病毒、腸道病毒、鼻病毒以及肺炎支原體等,細菌不是主要病原。RSV屬RNA病毒,由于RSV感染后產生的抗體不能完全防止感染,因此小嬰兒患病率高(母體抗體不能保護),再感染較常見。