通常認為，新生隱球菌是本病惟一病原菌。該菌廣泛分布于自然界中，從人的皮膚、土壤、灰塵、鴿糞中都能找到。在大城市中，掉落在窗臺的鴿糞常成為傳染源。隱球菌屬包括17個種和18個變種，其中僅新生隱球菌及其變種具有致病性。新生隱球菌是圓形的酵母型菌，周圍有寬闊的莢膜，稱厚莢膜。菌體內有一個或多個反光顆粒，為核結構。部分菌體可見出芽，但不形成假菌絲。非致病性隱球菌無莢膜。新生隱球菌在沙保培養基和血瓊脂培養基上，于25℃和37℃均能生長，非致病性隱球菌則在37℃不能生長。培養數日形成酵母型菌落，表面黏稠，初為乳白色，后轉變成橘黃色。此菌能分解尿素可與假絲酵母菌區別。人與動物均可感染。近年發現，其他隱球菌亦可致病，如羅倫特隱球菌、加特隱球菌等。