病因十分復雜，多數學者認為其主要病因可能是病原體感染、炎癥和異常的盆底神經肌肉活動和免疫異常等共同作用結果。
1.病原體感染
本型患者雖然常規細菌檢查未能分離出病原體，但可能仍然與某些特殊病原體：如厭氧菌、L型變形菌、納米細菌、或沙眼衣原體、支原體等感染有關。
2.排尿功能障礙
某些因素引起尿道括約肌過度收縮，導致膀胱出口梗阻與殘余尿形成，造成尿液反流入前列腺，不僅可將病原體帶入前列腺，也可直接刺激前列腺，誘發無菌的“化學性前列腺炎”。
3.精神心理因素
經久不愈的前列腺炎患者中一半以上存在明顯的精神心理因素和人格特征改變。如：焦慮、壓抑、疑病癥、癔病，甚至自殺傾向。這些精神、心理因素的變化可引起植物神經功能紊亂，造成后尿道神經肌肉功能失調，導致骨盆區域疼痛及排尿功能失調；或引起下丘腦-垂體-性腺軸功能變化而影響性功能，進一步加重癥狀，消除精神緊張可使癥狀緩解或痊愈。但目前還不清楚精神心理改變是其直接原因，還是繼發表現。
4.免疫反應異常
近年研究顯示免疫因素在慢性非細菌性前列腺炎的發生發展和病程演變中發揮著非常重要的作用。
5.氧化應激
前列腺炎患者氧自由基的產生過多或/和自由基的清除體系作用相對降低，從而使機體抗氧化應激作用的反應能力降低、氧化應激作用產物或/和副產物增加。
6.盆腔相關疾病因素
間質性膀胱炎是可能的病因，前列腺外周帶靜脈叢擴張、痔、精索靜脈曲張等是造成慢性前列腺炎久治不愈的原因之一。