本病多數起病隱匿，部分起病前有感染史，以上呼吸道感染為多，病原不明確，感染對本病的確切作用仍不明確，系膜增生性腎炎的發病機制不明，但免疫熒光檢查提示本病為免疫復合物病，抗原和抗體的性質目前仍不明確，盡管難溶和不溶性免疫復合物是產生系膜損害的重要原因，其確切過程尚不清楚，系膜增生程度可受免疫復合物的體積大小，數量，電荷和形狀等諸多因素影響，在系膜功能低下或受抑制時，不能被處理或轉運的免疫復合物或大分子物質可滯留系膜區，可導致系膜病變。一般認為本病是免疫介導性炎癥疾病，不過同其他腎小球疾病一樣，在其疾病進展過程中也有非免疫因素（如高血壓、蛋白尿、高血脂等）參與，發病機制有以下兩方面：
①免疫反應，大多數該類疾病腎小球系膜區均有顆粒狀免疫球蛋白及補體C3沉積，即提示免疫復合物致病。一般認為循環中多價抗原與其高親和力抗體在幾乎等量或抗體稍過剩情況下結合，即能形成難溶性的較大分子免疫復合物而沉積系膜區，當系膜區功能低下或受抑制時，此沉積的免疫復合物不易被清除，就能激活補體炎癥反應；另一種原位免疫復合物形成也能激活補體致病；另外細胞介導免疫也能在其中發揮作用。
②炎癥反應，腎小球系膜細胞在炎癥過程中不但是被動受害者，而且是直接參與者，在特定條件下能發揮炎癥細胞作用。