高嗜酸性粒細胞綜合征原因不明，目前認為IHES屬骨髓增生性疾患，其發病與寄生蟲感染及藥物、食物等引起的變態反應有關。
高嗜酸性粒細胞綜合征引起心臟損害的機制是各種原因導致細胞毒性嗜酸性粒細胞過多生成并浸潤心肌，嗜酸性粒細胞顆粒釋放，顆粒中含有的過氧化物酶、主要堿性蛋白(MBP)、陽離子蛋白(ECP)和乙二醇二硝酸酯(EDN)均有細胞毒性，可對組織造成損傷，引起急性心包炎、心肌炎或心內膜炎(壞死期)。
