1.急性中耳炎
嬰幼兒及兒童分泌性中耳炎應與急性中耳炎相鑒別。急性中耳炎治療不徹底或遷延不愈可轉換為分泌性中耳炎。多病程較短，患者可有劇烈耳痛、耳流膿等癥狀，分泌性中耳炎多病程較長，多以耳悶為主要癥狀，耳痛呈間斷性，較輕，甚至無耳痛表現。
2.鼻咽癌或鼻咽部占位性病變
典型的鼻咽癌早期癥狀可為涕中帶血、頸部包塊。但有些患者耳部癥狀先于上述癥狀，癌腫在鼻咽部的黏膜下潛行，鼻內鏡檢查在早期不易發現。對于單耳分泌性中耳炎，特殊地區患者，應高度警惕。
3.慢性化膿性中耳炎合并中耳膽脂瘤
松弛部穿孔被痂皮覆蓋，耳鼓膜緊張部顯示鼓室積液，此類患者應仔細檢查松弛部，必要時行顳骨的高分辨率CT，以除外中耳膽脂瘤。
4.粘連性中耳炎
主訴為聽力減退和悶脹感，檢查鼓膜與鼓岬粘連以資鑒別。
5.鼓室硬化
屬慢性中耳炎的后遺病變。主訴聽力下降和耳悶脹感。一般病史較長，有中耳炎病史。鼓膜可以完整，鼓室內大量硬化癥包裹聽骨鏈，影響聲能傳導。顳骨CT或手術探查可以明確診斷。
6.膽固醇肉芽腫
患者主訴聽力減退和耳悶脹感。但耳科檢查可見鼓膜呈藍色，顳骨CT提示鼓竇入口狹窄，可有骨質破壞。手術探查及病例檢查可以明確診斷。
7.先天性或后天性中耳膽脂瘤
對于鼓膜完整的中耳膽脂瘤，主訴聽力下降，檢查鼓膜完整，透光度差，聽力圖顯示為傳導性聽力損失，容易混淆。但鼓室積液征不明顯，鼓膜透光度差，可透過鼓膜見到白色的實性團塊樣物位于鼓膜內側的鼓室內。
8.自發性或外傷性腦脊液耳漏
可主訴患側反復發生腦膜炎，檢查顯示鼓室內液體積聚。年輕患者，根據病史、查體及影像學檢查可以確診。外傷性者則有明確的外傷史。
9.外淋巴漏
兩窗破裂和先天性裂隙，造成外淋巴液漏至中耳鼓室腔。可表現為鼓室積液，但患者有眩暈病史，遇強聲刺激可誘發眩暈。聽力圖提示感音神經性耳聾。
10.Wergerner肉芽腫
雖然屬于少見病，但疾病初期容易誤診為分泌性中耳炎。雙耳發病，病程遷延和頑固，伴有全身發熱、肺部及腎臟病變，ANCA等抗體陽性，對糖皮質激素治療有效，應高度警惕該病。
11.其他
當咽鼓管功能不良或耳硬化癥，聽力曲線為傳導性聾，另外，內耳的病變如梅尼埃病、上半規管裂綜合征等，可表現為耳悶脹感，尤其是聽力曲線上顯示有骨氣導間距時則容易混淆。但鼓膜檢查無積液征，聲導抗圖顯示為A型圖或C型圖，而非B型圖；內耳病變以感音神經性聾為其主要特征，以資鑒別。