直徑約0.2~0.5um膜厚7.5nm，內含物均一，無明顯顆粒，是高爾基體分泌形成的。含有多種水解酶，但沒有活性，只有當溶酶體破裂，或其它物質進入，才有酶活性。
其水解酶包括蛋白酶，核酸酶、脂酶、磷酸酶、硫酸酯酶、磷脂酶類，已知60余種，這些酶均屬于酸性水解酶，反應的最適pH值為5左右，溶酶體膜雖然與質膜厚度相近，但成分不同，主要區別是：①膜有質子泵，將H+泵入溶酶體，使其pH值降低。②膜蛋白高度糖基化，可能有利于防止自身膜蛋白降解。
