利用分子生物學技術，將某些生物的基因轉移到農作物中去，改造生物的遺傳物質，使其在性狀、營養品質、消費品質方面向人類所需要的目標轉變，從而得到轉基因農作物。以轉基因生物為直接食品，作為原料加工生產的食品，以及喂養家畜得到的衍生食品，在廣義上都可以稱為轉基因食品。因其安全性被廣泛質疑，國際社會對其尚存有很大爭議。
它的研究已有幾十年的歷史，但真正的商業化是近十年的事。90年代初，市場上第一個轉基因食品出現在美國，是一種保鮮番茄，這項研究成果本是在英國研究成功的，但英國人沒敢將其商業化，美國人便成了第一個吃螃蟹的人，讓保守的英國人后悔不迭。此后，轉基因食品一發不可收。據統計，美國食品和藥物管理局確定的轉基因品種已有43種。
如常見的農作物轉入Bt（蘇云金芽孢桿菌）基因和Ht基因。Bt基因編碼的是蘇云金芽胞桿菌分泌的一種對鱗翅目鞘翅目昆蟲（比如小菜蛾）有毒的蛋白質，攜帶有Bt基因的農作物在生長時亦能自己產生這種毒性蛋白，因此不需要使用農藥，靠農作物自身殺蟲。這種毒蛋白只對蟲子有效，尚未證據顯示其對人類或其他哺乳動物有致毒致敏作用；Ht基因又叫抗除草劑基因，它指導的蛋白質能夠在植物體內分解除草劑物質，使植物獲得抵抗高濃度除草劑的能力。因此在田間噴灑除草劑之后，雜草會因為對除草劑的抵抗力不足而被殺死，而農作物得以正常存活。相對于非轉基因農作物使用機械來除草，種植轉Ht基因的農作物更加經濟。