潛伏期自1小時至4天不等，多數為10小時左右。起病急驟，常有腹痛、腹瀉、嘔吐、失水、畏寒及發熱。腹痛多呈陳發性絞痛，常位于上腹部、臍周或回盲部。腹瀉每日3～20余次不等，大便性狀多樣，多數為黃水樣或黃糊便。2%～16%呈典型的血水或洗肉水樣便，部分病人的糞便可為膿血樣或粘液血樣，但很少有里急后重。
由于吐瀉，患者常有失水現象，重度失水者可伴聲啞和肌痙攣，個別病人血壓下降、面色蒼白或發紺以至意識不清。發熱一般不如菌痢嚴重，但失水則較菌痢多見。近年來國內報道的副溶血弧菌食物中毒，臨床表現不一，可呈典型、胃腸炎型、菌痢型、中毒性休克型或少見的慢性腸炎型。本病病程自1～6日不等，可自限，一般恢復較快。