真核生物的基因組十分復雜，DNA的含量也比原核生物的大得多。噬菌體由于基因組很小，但又要編碼一些必不可少的蛋白，堿基顯然不夠用，這樣不僅幾乎所有的堿基都參加編碼，而且在進化中還出現了“重疊基因”，以有限的基因編碼更多的遺傳信息。真核基因組正好相反，DNA十分富余，這樣不僅無需“重疊基因”，而且很多序列不編碼，如重復序列、間隔序列 (spacer) 和間插序列(intervening sequence) 即內含子(intron)等。但不編碼并不等于沒有功能。有的我們可能還不了解，如重復序列。間隔區和間插序列這兩個概念是不同的，間隔區是指基因間不編碼的部分，有的轉錄稱轉錄間隔區（TS），有的不轉錄稱為非轉錄間隔區(NTS）。間插序列是指基因內部不編碼的區域，也稱內含子，在初始轉錄本中存在此序列，但在加工后將被切除掉，所以常不作為翻譯的信息。間隔區常常含有轉錄的啟動子和其它上游調節序列。有的內含子也可以編碼，如成熟酶和內切酶等。
在遺傳學上通常將能編碼蛋白質的基因稱為結構基因。真核生物的結構基因是斷裂的基因。一個斷裂基因能夠含有若干段編碼序列，這些可以編碼的序列稱為外顯子。在兩個外顯子之間被一段不編碼的間隔序列隔開，這些間隔序列稱為內含子。每個斷裂基因在第一個和最后一個外顯子的外側各有一段非編碼區，有人稱其為側翼序列。