一.原理
(1) 以目的mRNA 為模板,使用Oligo dT-3sites Adaptor Primer 進行反轉錄反應,合成1st Strand cDNA。
(2) 使用含有KpnI、XbaI、BamH I 酶切位點的上游特異性引物和3sites Adaptor Primer進行PCR反應。
(3) 使用限制性酶(KpnI、XbaI或BamH I)對PCR產物進行酶切反應。
(4) 選用適當載體克隆PCR產物并進行DNA測序。
二.材料與方法
1 材料
肝臟RNA
2 儀器、用具
PCR儀、0.2mlPCR管、移液器
3 試劑
(1) RNase Free H 2 O;10×RNA PCR Bμffer;MgCl2(5mM);RNase Inhibitor(40μ/μl);Oligo dt-3sites Adaptor Primer(2.5μM);AMV Reverse Transcriptase XL(5μ/μl)
(2) ddH 2 O;10×PCR Bμffer;MgCl 2 (25mM);3 sites Adaptor Primer(20μM);TaKaRa Taq酶
4 方法
(1) 1st strand cDNA的合成
反應條件:30 ℃ 10min;55℃ 30min;95℃ 5min;5℃ 5min。
(2) PCR反應
① 1st PCR反應
a. 反應體系:
b.按以下條件進行反應:PCR擴增反應條件:94℃預變性3 min;然后進行30個循環反應,其溫度循環條件為:94 ℃ 變性1 min ,55℃ 退火1 min,72 ℃延伸1 min;循環結束后 72 ℃ 再延伸5 min。
② 2nd PCR
a.反應體系:反應
b.按以下條件進行PCR反應:PCR擴增反應條件:94℃預變然后進行30個循環反應,其溫度循環條件為:94 ℃ 變性1 min,1min,72 ℃ 延伸1 min;循環結束后72 ℃延伸5 min。c.反應結束后,取 PCR 反應液(5-10μl)進行瓊脂糖凝膠電。
(3) 將2nd PCR 產物在 1% 瓊脂糖凝膠上進行電泳分離。回收純化電泳pMD-18T載體,進行鑒定和序列分析(方法同實驗六、實驗七)。
(4) 獲得cDNA 3’末端序列后,將其與cDNA 的核心片斷進行序列拼接。