基因工程Bt殺蟲作物產生的Bt毒蛋白可以從作物根部滲漏到土壤或隨作物的葉子進入土壤，其毒性至少可保留7個月。因此被污染的土壤和水很可能對人類造成傷害。21世紀初，德國科學家發現基因工程油菜的轉基因已經污染了蜜蜂體內腸道中的微生物；芬蘭的研究人員發現，基因工程食物中存在的抗生素抗性基因能轉移到人體腸道中的細菌內；英國的研究人員在實驗室中證實，小白鼠在食用轉基因土豆10 天后，其腎、脾、消化道都出現了損傷。到2006年，美國超過60%的加工食品含有轉基因成分，而中國之前每年從美國進口大量的農作物和加工食品，但中國的消費者卻不知道，他們選擇這些加工食品可能對其本身甚至后代產生危害。
基因污染確實是基因工程的一大負面后果。但必須看到基因工程有巨大的美好前景。動植物基因工程很可能是解決全球糧食問題的最佳選擇，因此不能因噎廢食。