一、實驗原理
RNA是基因表達的中間產物,存在于細胞質與核中。對RNA進行操作在分子生物學中占有重要地位。獲得高純度和完整的RNA
是很多分子生物學實驗所必需的,如Northern雜交、cDNA合成及體外翻譯等實驗的成敗,在很大程度上取決于RNA的質量。由于細胞內的大部分RNA是以核蛋白復合體的形式存在,所以在提取RNA時要利用高濃度的蛋白質變性劑,迅速破壞細胞結構,使核蛋白與RNA分離,釋放出RNA。再通過酚、氯仿等有機溶劑處理、離心,使RNA與其他細胞組分分離,得到純化的總RNA。在提取的過程中要抑制內源和外源的RNase活性,保護RNA分子不被降解。因此提取必須在無RNase的環境中進行。可使用RNase抑制劑,如DEPC是RNase的強抑制劑,常用來抑制外源RNase活性。提取緩沖液中一般含SDS、酚、氯仿、胍鹽等蛋白質變性劑,也能抑制RNase活性。并有助于除去非核酸成分。
本實驗介紹異硫氰酸胍法和TRIzol法提取動物組織總RNA并通過電泳進行鑒定。
二、儀器和試劑
1.儀器:
超凈工作臺、高速冷凍離心機、電泳儀、紫外分光光度計、凝膠成像系統、振蕩器、移液器、吸頭、Ep管、玻璃勻漿器、試管、
玻璃器皿洗凈后置180℃烘烤8h;不耐高溫的器皿(如塑料制品)應用0.1% DEPC浸泡2h,70~80℃ 烘烤干燥,120℃高壓20min,再70~80℃烘烤干燥方可使用。
2.試劑:
(1)細胞裂解液:
異硫氰酸胍 4mol/L
檸檬酸鈉(pH7.0) 25mmol/L
十二烷基肌氨酸鈉 0.5%
β-巰基乙醇 0.1mol/L
稱取檸檬酸鈉0.64g,十二烷基肌氨酸鈉0.415g,吸取β-巰基乙醇0.7ml,用無Rnase的蒸餾水溶解,定容至50ml。然后取以上配制的溶液(CBS液)33ml,異硫氰酸胍 25g,混合,完全溶解后4℃保存備用。
(2)10×凝膠緩沖液:
嗎啉代丙璜酸(MOPS)(pH7.0) 200mmol/L
NaAc 100mmol/L
EDTA(pH 8.0) 10mmol/L
過濾除菌后避光保存。
(3)5×變性上樣緩沖液:
水飽和的溴酚藍 16μl
500mmol/LEDTA(pH 8.0) 80μl
甲醛(37%) 720μl
甘油 2ml
甲酰胺 3084μl
10×凝膠緩沖液 4ml
加無RNase水至10ml,4℃可保存3個月。
(4)TRIzol RNA抽提試劑
(5)2mol醋酸鈉
(6)0.1% DEPC
(7)平衡酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)
(8)平衡酚、氯仿
(9)無水乙醇、70%乙醇、異丙醇
(10)無RNase水
三、操作步驟
(一)異硫氰酸胍法(PLT)
1.取新鮮動物組織0.1~0.2g置于組織勻漿器中,加入預冷的細胞裂解液1ml,在冰浴中迅速勻漿15~30s,以充分研碎組織。然后將細胞懸浮液吸入另一試管中。
2.加入2mol醋酸鈉(pH4.0)120μl,充分混勻。
3.加入1.2ml酚:氯仿:異戊醇,充分混勻搖振10s,冰浴15min。
4.將混合物轉移至1.5ml Ep管中,4℃,離心10 000r/min,20min.
5.移取上層水相至另一Ep管中,加入等體積的異丙醇,靜置?C20℃,30min沉淀RNA.
6. 4℃,離心12 000r/min,15min.
7. 棄上清液,加入70%乙醇400μl,洗滌RNA沉淀物;如果RNA沉淀物被懸浮,則4℃ 離心10 000r/min,10min。
8. 棄上清液,自然干燥,但應避免沉淀完全干燥,否則RNA難以溶解。
9.加入100μl無RNase水重懸RNA,或加1ml無水乙醇和1/10體積3mol醋酸鈉(pH4.0),?C70℃保存