化學發光探針技術的原理是互補的 核酸單鏈會特異性識別并結合成穩定的雙鏈復合物。這一檢測系統利用一個標記有化學發光物的單鏈DNA探針，可以特異性的識別和結合目標微生物的核糖體RNA。微生物中的核糖體 RNA釋放出來后，化學發光標記的 DNA探針就與之結合形成穩定的DNA-RNA雜合體。標記的DNA-RNA雜合體會與非雜交探針分離，并在化學發光檢測儀中進行測量。樣本的檢測結果通過計算與陰性對照進行比較得出結果。利用化學發光劑標記和檢測核酸使得許多非放射性標記檢測的靈敏度達到甚至超過了 同位素標記測定。
在眾多的化學發光體系中，應用最多的化學發光體主要有三類：增強魯米諾發光體系、吖啶類化合物發光體系和堿性磷酸酶催化的1，2-二氧環己烷發光體系。吉林檢驗檢疫局建立的化學發光技術使用吖啶酯標記核酸探針。