由于化學鍵合相色譜儀的鍵合固定相非常穩定，在使用中不易流失。由于鍵合到載體表面的官能團可以是各種極性的，適用于各種樣品的分離分析。目前化學鍵合相色譜儀已獲得了日益廣泛的應用，在液相色譜中占有極其重要的地位。
一、正相鍵合相色譜的用途：
正相鍵合相色譜多用于分離各類極性化合物，如染料、甾體激素、多巴胺、氨基酸和藥物等。
二、反相鍵合相色譜的用途：
反相鍵合相色譜由于操作簡單，穩定性好，重復性好，已成為一種通用型液相色譜分析方法。極性與非極性、水溶性與油溶性、離子性與非離子性、小分子與大分子、具有官能團差別或分子量差別的同系物，均可采用反相液相色譜實現分離。據統計，在液相色譜中，約70%～80%的分析任務是由反相鍵合相色譜完成的。
1、在生命科學和生物工程研究中的應用：
在生命科學和生物工程研究中，經常涉及到對氨基酸、多肽、蛋白質及核堿、核苷、核苷酸、核酸等生物分子的分離分析，反相鍵合相色譜是這類樣品的主要分析手段。
2、在醫藥研究中的應用：
人工合成藥物的純化和成分的定性、定量，中草藥有效成分的分離、制備和純度測定，臨床醫藥研究中人體血液和體液中藥物濃度、藥物代謝物的測定，新型手性藥物中手性對映體含量的測定等，都可以用反相鍵合相色譜進行分析。
3、在食品分析中的應用：
在食品分析中的應用主要包括三個方面：
（1）食品本身組成，尤其是營養成份的分析，如維生素、脂肪酸、香料、有機酸和礦物質等。
（2）人工加入的食品添加劑的分析，如甜味劑、防腐劑、人工合成色素和抗氧化劑等。
（3）在食品加工、保存和儲運過程中由周圍環境引起的污染物的分析，如農藥殘留、霉菌毒素和病原微生物等。
4、在環境污染分析中的應用：
反相鍵合相色譜可適用于對環境中存在的高沸點有機污染物的分析，如大氣、水、土壤和食品中存在的多環芳烴、多氯聯苯、有機氯農藥、有機磷農藥、氨基甲酸酯農藥、含氮除草劑、苯氧基酸除草劑、酚類、胺類、黃曲霉素、亞硝胺等。