化膿性顱骨骨髓炎最常見的并發癥是化膿性腦膜炎，硬腦膜外或下膿腫及腦膿腫，其癥狀體征及治療方法已如前所述，上述并發癥均有一定生命危險，即使經積極治療而搶救了生命，但術后仍常留有一些神經系統功能障礙，如智力降低，肢體癱瘓及癲癇發作，腦積水等后遺癥，然而單純的化膿性顱骨骨髓炎如及時治療，除術后遺有顱骨缺損外，很少發生其他的后遺癥。[2]
