生物多樣性
例如，很多植食性昆蟲和寄主植物的協同進化促進了昆蟲多樣性的增加；遺傳連鎖性狀有關基因在分子水平上的協同進化促進了遺傳隔離并導致物種分化。
物種適應
該方面主要體現在眾多互惠共生實例中，比如傳粉昆蟲與植物的關系（昆蟲獲得食物，而植物獲得交配的機會），蚜蟲與螞蟻的關系（蚜蟲獲得螞蟻的保護，螞蟻獲得食物—蚜蟲的蜜露），昆蟲和內共生菌的關系（兩者相互獲得生活必須的特殊的營養物質）。
基因組進化
例如，細胞中的線粒體基因組的形成可能源于包內內共生菌的協同演化（內共生起源理論），核基因組中“基因橫向轉移”現象也可能來源于內共生菌協同進化的結果。
生物群落
眾多物種與物種間的協同進化關系促進了生物群落的穩定性。另外，眾多并不是互惠共生的協同進化關系，比如寄生關系、獵物-捕食關系的形成等，都維持了生態系統的穩定性。