單一同位素峰一定是一組峰里面質荷比最低的,但不一定是最高的。當肽段的分子量較小時,其所含的原子總數也少,所以整個肽段含有同位素原子的幾率也比較小。這時,單一同位素峰往往是最高的峰。當肽段的分子量增大時,其帶有同位素原子的幾率也隨之增大。在這種情況下,+ 1 Da ,甚至+ 2 Da 的同位素峰有可能成為最高峰。統計表明,當肽段的分子量超過 2500 Da 時,最高峰往往不是單一同位素峰。