多肽合成儀是指用來合成多肽的儀器，因為多肽合成的步驟很繁瑣，又很耗時，多家公司開發了自動多肽合成儀。一般分為兩類，一類是針對數量少但合成量大的生產型應用，典型代表是美國ABI公司的ABI336型多肽合成儀，其反應器轉動方式有別于前兩代的多肽合成儀，即反應器上方相對固定，而下方作圓周360度快速旋轉，帶動反應器里的固液兩相從底部向上作螺旋運動，一直達到反應器的最上方；另外一類多肽合成儀針對于藥物研發、基因研究等科研性應用，典型代表是德國Intavis AG公司的ResPep SL和MultiPep RS系列，可以同時提供固相合成和膜合成的應用，并能自動幫助客戶進行圖譜篩選同時完成高通量的多肽合成工作。