單核吞噬細胞系統的功能包括清除外來及體內不需要的物質,如外源性的細菌、病毒、異物等,同源性衰老及突變的細胞,因此有體內“清掃細胞”之稱號。吞噬和處理抗原并將抗原特異性傳遞給T淋巴細胞、B淋巴細胞,激活淋巴細胞的免疫功能,并能保留抗原特性,持續地進行免疫誘導。分泌生物活性物質,如抗體、干擾素、溶菌酶、活化因子、凝血因子等數十種活性物質,與淋巴細胞、粒細胞、肥大細胞、血小板等在功能上互相促進和制約。吞噬較大的異物,如染料顆粒、抗原抗體復合物、病原蟲、腫瘤細胞等,因此在防止細胞癌變上有一定作用。